在不断出台的政策支持以及各地政府的积极助推之下，大量的资本涌入旅游特色小镇，基数的扩大势必会导致存在问题的多样，旅游特色小镇主要存在以下五个方面的问题亟待解决：
（一）概念不清
旅游特色小镇的理解目前主要存在叁大误区：一、将特色小镇的“小镇”与行政区划概念上的“镇”划等号，但事实上旅游特色小镇是具有明确产业功能、文化功能、旅游功能和社区功能的重要功能平台；二、将旅游特色小镇理解为新景区开发，旅游特色小镇不仅注重“景观”，更注重互融互动的“城”与核心竞争力的特色“产业”；叁、将旅游特色小镇等同于美丽乡村、田园综合体，政府对叁者的创建应用同一模式，甚至依据政策变化将同一地区进行身份转变，但这叁者在本质上的差别极大，不可混淆。
（二）特而不特
旅游特色小镇的同质化问题严重，“特色”一词无从谈起。部分旅游特色小镇不注重挖掘自身拥有的文化内涵，不顾旅游特色小镇运作的基本规律，造成特色产业与小镇功能脱离实际，无法将小镇的开发建设与文创产业相结合，无法为当地经济增长增加新动能，拖累当地经济转型。
（叁）主体不清
旅游特色小镇的发展，离不开政府的主导与牵引，但这并不意味着在旅游特色小镇的发展是政府行为，政府更多的是一种搭建平台的作用，市场才是主体。一些地区仍然采用老旧的发展思路，不重视市场规律，盲目追求短期政绩，这极有可能导致主体错位的旅游特色小镇无法实现长期的可持续运营。
（四）地产渗透
随着房地产行业的拿地难度与成本不断攀升，房地产公司的转型升级必不可免。当前如碧桂园、绿城等一线房地产公司都拟出了“小镇计划”，虽然这有助于通过房地产公司的资本助推旅游特色小镇的发展，但很容易导致旅游特色小镇成为房地产公司圈地的一项借口，最终大概率使得旅游特色小镇成为房地产小镇，增加政府的治理难度与风险。
（五）缺乏联动
以目前特色小镇的建设进程来看，90%的特色小镇策划基本都以旅游产业作为主导产业展开，本质上是因为旅游业的产业特殊性使得其进入门槛低，这也正是旅游特色小镇定义泛化的一大重要因素，众多特色小镇往往将旅游产业定位于较高的层次，使得特色小镇自身的产业结构极为单一，没有形成以“旅游+”或者“+旅游”为模式的创新业态，缺乏联动的产业机制，容易受到资本、季节等因素的冲击。
